Η ουράνια μηχανική του Νεύτωνα, του μέγιστου ίσως επιστημονικού νου όλων των εποχών, ενοποίησε τους νόμους του Κέπλερ και τη μηχανική του Γαλιλαίου σε μία θεωρία για τη δομή του σύμπαντος, η οποία εξηγεί όλα τα επιμέρους φαινόμενα της καθημερινής παρατήρησης ως απόρροια καθολικών νόμων (π.χ. βαρύτητα). Στο εξής η αλήθεια τόσο ως προς τα φυσικά όσο και ως προς τα κοινωνικά πράγματα θα εθεωρείτο ότι προκύπτει μέσα από τις διαδικασίες της παρατήρησης και του πειραματικού ελέγχου των θεωριών.
Οι επιμέρους επιστημονικές ανακαλύψεις του Νεύτωνα άνοιξαν νέα κεφάλαια θεωρητικής γνώσης. Οι έρευνές του πάνω στη φύση του φωτός κατέληξαν στο συμπέρασμα ότι το λευκό είναι μια σύνθεση όλων των άλλων χρωμάτων. Μια ακτίνα λευκού φωτός διερχόμενη μέσα από ένα κρυστάλλινο πρίσμα αναλύεται σε ένα φάσμα χρωμάτων με το ιώδες και το ερυθρό στα άκρα του. Ο Νεύτωνας διατύπωσε πρώτος τη σωματιδιακή θεωρία του φωτός, την ιδέα δηλαδή ότι το φως αποτελείται από στοιχειακά σωματίδια, τα φωτόνια, που κινούνται σε ευθεία γραμμή με ασύλληπτη ταχύτητα. Επίσης, οι μαθηματικές του μελέτες οδήγησαν στην ανακάλυψη μια νέας μεθόδου μαθηματικού λογισμού, του γνωστού σήμερα διαφορικού λογισμού.
Το αποκορύφωμα της σταδιοδρομίας του Νεύτωνα υπήρξε η δημοσίευση του έργου του «Μαθηματικές αρχές της φυσικής φιλοσοφίας» (Principia mathematica). Εδώ ενοποιούνται οι θεμελιώδεις αρχές μιας γενικής κοσμολογίας, με σκοπό την κατανόηση της φύσης ως ενιαίου συστήματος και των νόμων οι οποίοι την διέπουν, καθώς και μια μεταφυσική εικασία για τη φύση του υπέρτατου όντος που δημιούργησε αυτό τον κόσμο. Η κοσμολογία των Principia mathematica συνοψίζεται στα περίφημα τρία «αξιώματα, ή νόμους της κίνησης», που θέτουν το γενικό πλαίσιο για την κατανόηση όλων των υλικών σωμάτων:
α) Το πρώτο αξίωμα είναι ο νόμος της αδράνειας: κάθε σώμα παραμένει σε ακινησία, ή κινείται με ομοιόμορφη κίνηση επί ευθείας γραμμής, εκτός αν βρεθεί υπό την επήρεια δυνάμεων που το αναγκάζουν να αλλάξει κατάσταση.
β) Το δεύτερο αξίωμα δηλώνει ότι κάθε αλλαγή στην κίνηση του σώματος είναι ανάλογη με το μέγεθος της δύναμης που την προκαλεί και συμβαίνει στην κατεύθυνση της ευθείας επί της οποίας ασκείται η δύναμη αυτή.
γ) Το τρίτο αξίωμα θέτει ότι σε κάθε δράση αντιτίθεται μια ίσου μεγέθους αντίδραση.
Μέσα στο σύμπαν κυριαρχεί η γενική δύναμη της βαρύτητας, στην οποία οφείλεται η δομή και η δυναμική του ηλιακού μας συστήματος. Η παγκόσμια δύναμη δρα εξ αποστάσεως. Κάθε σώμα περιβάλλεται από το δικό του πεδίο βαρύτητας, το οποίο έλκει κάθε άλλο εισερχόμενο σε αυτό χωρίς να είναι ανάγκη να υπάρξει επαφή ανάμεσά τους. Το κενό μέσα στο οποίο κινούνται τα σώματα δεν αποτελεί εμπόδιο για την επίδραση των ελκτικών δυνάμεων.
Η κοσμολογική σύλληψη του Νεύτωνα αναπαριστά για πρώτη φορά το σύνολο των φυσικών φαινομένων ως μία ενιαία διάδραση και διαπλοκή. Ένα πλέγμα γενικότατων νόμων που βρίσκουν μαθηματική έκφραση και πειραματική επαλήθευση διαπερνούν το φυσικό σύμπαν απ’ άκρου εις άκρον και προκαλούν μια σειρά από επιμέρους φαινόμενα. Τέτοια είναι οι τροχιές των κομητών και των πλανητών, η περίφημη πτώση των μήλων και οι παλίρροιες που είχε αποτύχει να εξηγήσει ο Γαλιλαίος. Μια πρώτη συνταρακτική εφαρμογή της ουράνιας μηχανικής του Νεύτωνα ήταν η ανακάλυψη από τον αστρονόμο Halley ότι μια σειρά από κομήτες που είχαν κατά καιρούς καταγραφεί δεν ήταν στην πραγματικότητα παρά η εμφάνιση ενός και του αυτού κομήτη. Ο Halley προέβλεψε επιτυχώς την επανεμφάνιση του εν λόγω κομήτη το 1705 και έκτοτε φέρει το όνομά του. Αυτή η δυνατότητα για ασφαλείς προβλέψεις δικαιώνει στο εξής τη φυσική επιστήμη ως αποκλειστικό κάτοχο και διαχειριστή της κοσμολογικής αλήθειας. Το νευτώνειο σύμπαν είναι μια μηχανή ασύλληπτου μεγέθους, της οποίας η λειτουργία κανονίζεται από μερικούς απλούς αιτιακούς νόμους. Η προβλεψιμότητα των φυσικών φαινομένων όταν ενταχθούν στο νευτώνειο εξηγητικό πλαίσιο έδωσε αποφασιστική ώθηση στον αιτιοκρατικό τρόπο του σκέπτεσθαι (ντετερμινισμός).
Η επιστημονική μεθοδολογία του Νεύτωνα βασίζεται στο πείραμα. Ο Νεύτωνας επιχείρησε τον διαχωρισμό της πειραματικής φιλοσοφίας από τη μεταφυσική. Με βάση αυτό τον διαχωρισμό, οι μεταφυσικοί διαλογισμοί μπορούν να χρησιμοποιηθούν ως αρχικές υποθέσεις για την οργάνωση πειραμάτων, τα οποία θα οδηγήσουν επαγωγικά σε ένα γενικό συμπέρασμα, αλλά αυτοί δεν έχουν καμία βάση αλήθειας. Στη νευτώνεια επιστημολογία η ανάλυση προηγείται της σύνθεσης. Η ανάλυση συνίσταται στη διεξαγωγή πειραμάτων και παρατηρήσεων και στη διατύπωση γενικών συμπερασμάτων από αυτά δια της επαγωγής, τα οποία πρέπει να θεωρούνται αδιαμφισβήτητα, εκτός και αν υπάρξουν πειραματικές ενδείξεις περί του αντιθέτου. Όσο περισσότερα πειραματικά δεδομένα συλλέξει ένας επιστήμονας, τόσο πιο γενικά μπορεί να είναι τα συμπεράσματα στα οποία θα καταλήξει. Έτσι, ο επιστήμονας προχωρά από το ειδικό στο γενικό, από την παρατήρηση ενός φαινομένου στην αιτία του, από την ανάλυση στη σύνθεση, δηλαδή στην αποδοχή αιτιών που μπορούν να εξηγούν τα φαινόμενα και να αποδεικνύουν αυτές τις εξηγήσεις. Βέβαια, η ισχύς των γενικεύσεων δεν είναι βέβαιη. Κι αυτό γιατί μια επαγωγικά θεμελιωμένη αρχή, όσο εκτεταμένη κι αν είναι η εμπειρία στην οποία στηρίζεται, ξεπερνάει πάντα το παρατηρησιακό υπόβαθρο που τη στηρίζει. Αποδίδει μια ιδιότητα, που εμφανίζεται μέχρι τώρα σε όλα τα παρατηρημένα σώματα, σε όλα γενικώς (και σ’ εκείνα που θα παρατηρηθούν στο μέλλον). Κάτι τέτοιο όμως αποτελεί ενός τύπου υπόθεση, αφού τελεί διαρκώς υπό αίρεση: ένα αρνητικό πειραματικό εύρημα την αποδυναμώνει, ενώ μια συσσώρευση διαψεύσεων μπορεί και να την ανατρέψει τελείως. Γι’ αυτό ο Νεύτωνας υποστήριξε ότι η απόλυτη βεβαιότητα που επιζητούσε ο Ντεκάρτ είναι αδύνατη στην εμπειρική επιστήμη. Η επαγωγική μέθοδος μπορεί να φαντάζει ελλιπής από την ορθολογική σκοπιά, είναι όμως η ισχυρότερη δυνατή στην πειραματική έρευνα.
Η προσπάθειά του να αποστασιοποιηθεί από τη µεταφυσική θεµελίωση θα φανεί και στη διατύπωση της θεωρίας της βαρύτητας. Στο πλαίσιο αυτής τη θεωρίας διακηρύττει ότι η βαρύτητα είναι γενικός νόµος της φύσης και ότι δεν γνωρίζει την «πρώτη αιτία» της. ∆ηλώνει ότι τα πράγµατα λειτουργούν έτσι όπως λειτουργούν, αλλά δεν γνωρίζει το γιατί. Θεωρεί ότι αυτός ο µεταφυσικός προβληµατισµός δεν έχει θέση στην πειραµατική φιλοσοφία, η εγκυρότητα της οποίας πηγάζει α) από την παρατήρηση, β)την πειραµατική επιβεβαίωση και γ)από τις αληθείς προβλέψεις που πηγάζουν από αυτήν.
Στα καταληκτικά κεφάλαια των Principia mathematica, ο Νεύτωνας θέτει τη βάση για ένα καινούριο τύπο θρησκευτικής ευσέβειας, τη λεγόμενη «φυσική θρησκεία». Κατά την άποψή του, ο κόσμος διευθετείται τόσο τέλεια, που είναι αδύνατο αυτό να γίνεται δια αυτομάτου. Η νομοτέλεια προϋποθέτει ένα Θείο νου.